Se necesitan solo tres días para visitar Kioto, me parece imposible hacer Kioto y Nara en solo dos días , deberías decidirte por uno de ellos. Si vas a Kioto anótate como imprescindibles las siguientes visitas: el Castillo Nijo, el Paseo del Filósofo con todos sus templos, jardines, etc. y por último Gion el antiguo barrio de las Geishas, menos impresionante que los monumentos de Kioto pero curioso.
Me alojé en Econo Inn, un hotelmuy recomendable, sencillo, limpio y económico. Nara sí se puede visitar en un día, un poco justo pero se puede. Lo mejor de Nara: el famoso parque, el santuario Kasuga y el antiguo barrio Naramchi.
No subí hasta la cima del Monte Fuji, no me atraían mucho las fotos que he visto (demasiado árido). Lo que hice es un recorrido por la base del volcán visitando sus cinco lagos, desde donde se obtienen buenas fotos.
Cerca de Tokio, a parte del Monte Fuji, no sé qué lugar aconsejarte porque todo lo que he visitado se encuentra un poco lejos para ir en coche (solo salir de Tokio debe de ser una odisea ). En cambio si decidieses ir en tren, visita Takayama, una localidad con mucho encanto es la que conserva más casas de época Edo. Además en Takayama puedes comer las carnes más exquisitas del mundo, la ternera de Kobe o la ternera de Hida, yo solo he probado está última y puedo asegurar que es una de las mejores carnes que he comido.